Das KZ Flossenbürg war als Männerlager gegründet worden und behielt diesen Status, abgesehen von den Frauen, die seit 1943 isoliert im „Sonderbau“ lebten, bis zum Frühjahr 1945. Ab dem 1. September des Jahres 1944 wurden Frauen-Außenlager, die bisher dem (Frauen-) KZ Ravensbrück unterstellt waren, aber in Bayern, Sachsen und der ehemaligen tschechoslowakischen Republik (dem Einzugsbereich Flossenbürgs) lagen, dem ostbayerischen Konzentrationslager unterstellt. Gleichzeitig entstanden bis zum Kriegsende in rascher Folge mehr als 20 Frauen-Außenlager unter Verwaltung von Flossenbürg. Über 16.000 Frauen mussten in diesen Außenlagern Zwangsarbeit leisten, vor allem in Munitionsfabriken. Weltbekannte Firmen wie Zeiss-Ikon und Bernsdorf & Co., beide in Dresden, griffen wie die ebenfalls dort ansässige Universelle Maschinenfabrik auf Flossenbürger Gefangene zurück. Im sächsischen Freiberg produzierten die Arado-Flugzeugwerke unter dem Decknamen „Freia GmbH“ und zwangen ca. 1.000 vor allem jüdische Frauen und Mädchen, aus Auschwitz kommend, zur Zwangsarbeit. In unmittelbarer Nähe wurden in den Framo-Werken in Hainichen weitere 500 Jüdinnen aus Ungarn und Polen im Rahmen des „Nebelwerferprogramms“ eingesetzt. Im oberfränkischen Helmbrechts waren im Dezember 1944 zunächst 400 Frauen, deren Zahl sich bis März 1945 auf ca. 1.200 Frauen erhöhte, für ein ausgelagertes Zweigwerk der Kabel- und Metallwerke Neumeyer AG Nürnberg, die in Räumen der Textilwerke Josef Witt arbeiten mussten. Die Astra-Werke in Chemnitz lieferten Flugzeugausrüstungen, die von 500 Frauen in zwei Schichten gefertigt wurden. Ein anderer Flugzeughersteller, die Junkers-Werke, beschäftigte ebenfalls Frauen, die in unterirdischen Hallen in Venusberg/Sachsen Flugzeugmotoren bauen sollten. Die Firma Universelle in Dresden wiederum fertigte für Junkers; als der Betrieb bei schweren Luftangriffen auf die Stadt zerstört wurde, kamen viele der mehr als 500 Frauen ums Leben, einigen gelang die Flucht. Das SS-Wachkommando, im Unterschied zu den Gefangenen in Luftschutzbunkern ausharrend, brachte danach nur noch 84 Frauen in das Außenlager Mockethal-Zatschke. Dieses Kommando wurde noch einmal „aufgefüllt“ und erneut bei Universelle in die Produktion eingegliedert.
Die Osram-Werke wurden in größerem Maße verlagert, finden sich doch allein in Plauen/Vogtland zwei Flossenbürger Außenlager, in denen jeweils mehrere hundert Frauen gefangen waren. Um für weitere Auslagerungen von Osram-Betrieben genügend Arbeitskräfte zu bekommen, wandte sich die Konzernleitung an das WVHA der SS und forderte weitere 500 Frauen an. Neben optischen und feinmechanischen Werken wurden Frauenlager v.a. auch bei Munitionsfabriken errichtet. Oft – wie im tschechischen Holyšov (Holleischen) nahe der bayerischen Grenze – wurde zum Aufbau des Lagers, zum Ausbau der Infrastruktur und für „schwere Arbeiten“ vorübergehend zusätzlich ein (kleineres) Männerlager am Ort angesiedelt. Die ca. 700 Frauen stellten vermutlich Fliegermunition her. Noch am 23. März 1945 berichten die „Metallwerke Holleischen GmbH“, dass „ein nicht unerheblicher Teil von Häftlingen“ auf Baustellen elf Stunden eingesetzt werde; so könne auch der übliche Tagessatz an die SS abgeführt werden. Jedoch dauere in der Munitionsfabrik aufgrund von Materialmangel – „anscheinend hervorgerufen durch die Störung unseres Eisenbahnnetzes“ – der Arbeitstag nur (!) noch acht Stunden, weswegen man eine Herabsetzung der „Ausleihgebühr“ von RM 4,00 auf RM 2,90 beantrage! Die Entleihgebühr für Frauen war um ein Drittel geringer als die der Männer.
Besondere Bedeutung erlangte das Frauenlager Holyšov, da dort KZ-Aufseherinnen für das KZ Flossenbürg und seine Außenlager ausgebildet wurden. Firmen wie Zeiss-Ikon oder Osram stellten Betriebsangehörige ab, die nach einer „Ausbildung“ als verlängerter Arm des SS – männliche SS-Angehörige durften grundsätzlich Frauenlager nicht betreten – in den Frauenlagern und an den Arbeitsplätzen Aufsicht führten. Offenbar gehörte zur Ausbildung auch die Vorführung und Unterweisung im Prügeln, wie ein Bericht einer Überlebenden nahelegt.
Zu weiteren Munitionswerken, in denen gefangene Frauen meist aus Mittel- und Osteuropa die Kriegsgüter zum Einsatz gegen ihre eigenen Männer und Länder produzieren sollten, gehörten ein Werk der Dynamit Nobel in Hertine (CZ) sowie zwei Werke der Firma Zeiss-Ikon in Dresden. Im Auto-Union Tochterunternehmen „Deutsche Kühl- und Kraftmaschinen GmbH“ in Oederan produzierten über 500 Frauen Flak-Munition, in einem anderen Werk dieses Unternehmens, in Wilischthal, bauten sie Maschinengewehre (MG 151). Im November 1944 wurde das DKW-Werk Chemnitz nach Zschopau ausgelagert und nach Einweisung von 500 Häftlingsfrauen und -mädchen aus Auschwitz erfolgte die Produktion von Flugzeugmotorenteilen.