Flossenbürg war von Anfang an als ein Konzentrationslager zur Ausbeutung von Zwangsarbeitern, ein Lager zur „Vernichtung durch Arbeit“ geplant. In diesem ersten Lager einer neuen – der „zweiten Generation“ von Konzentrationslagern – richtete sich der Terror nicht mehr nur gegen die politischen Gegner der Nazis, sondern gesellschaftliche Außenseiter sollten durch brutale Zwangsarbeit entweder „brauchbare Glieder der Volksgemeinschaft“, das heißt, willfährige Helfer werden oder der „Vernichtung durch Arbeit“ zum Opfer fallen. Als geeignete Standorte wurden Steinbrüche (neben Flossenbürg Mauthausen und Natzweiler) oder Ziegeleien mit Lehmgruben (wie Neuengamme) ausgewählt.
Nach Gesteinsuntersuchungen nahm die SS im April 1938 den Aufbau dieses Konzentrationslagers ca. 20 km nordöstlich von Weiden in Flossenbürg im Oberpfälzer Wald in Angriff. Ende April bzw. Anfang Mai 1938 wurden die ersten Gefangenen dorthin gebracht – um sich ihr Gefängnis oder den Ort ihres Leidens und Sterbens selbst zu errichten. Es handelte sich vor allem um Kriminelle oder solche, die von Gestapo und SS so genannt und mit einem grünen Winkel gekennzeichnet wurden: Gewaltverbrecher mit Sicherheitsverwahrung nach verbüßter Zuchthausstrafe, daneben kleine Diebe, aber auch Wohnsitzlose und teilweise sogar Alkoholiker.
Dieser neue Typus Konzentrationslager trug u.a. der Tatsache Rechnung, dass die SS zeitgleich mit dessen Gründung erstmals begann, eigene wirtschaftliche Ziele zu verfolgen. Billigste rechtlose Arbeitskräfte sollten profitabel in den eigens zu diesem Zweck gegründeten „Deutschen Erd- und Steinwerke“ (DEST) ausgebeutet werden. In diesen Lagern steigerte das Regime den Terror zu einer absoluten und perfektionierten, bisher unbekannten Macht, die durch Arbeit, Hunger, Willkür und Schikane die Vernichtung menschlichen Lebens einplante und später mechanisierte – und das durchaus nicht im Geheimen, denn Terror wirkt durch Einschüchterung aller (noch nicht) Betroffenen. Daher wussten die „Volksgenossen“ auch von derartigen Lagern, die sie für eine Art Arbeitserziehungs-Lager hielten, was auch noch in der oft gebrauchten Drohung – „Halt’s Maul, sonst kommst nach Dachau/Flossenbürg!“ – ausgedrückt wurde.
Schon beim Aufbau des Lagers, das ursprünglich für 3000 Häftlinge angelegt war, herrschten harte Bedingungen; neben der erwähnten Einschüchterung können die unzureichende Ernährung und Unterbringung sowie die täglichen Schikanen bis hin zum Mord an Einzelnen durch die SS-Schergen und ihre Helfershelfer als Indizien besonders schwerer Haftbedingungen gelten. Bevor der Aufbau des Lagers mit einer angrenzenden SS-Kaserne, Stacheldrahtsicherungen und Wachtürmen sowie Küche und Wäscherei abgeschlossen war, begann bereits die Arbeit im Steinbruch. Da zuerst die SS-Kaserne sowie die provisorische Küche neben den Privathäusern der SS-Führer errichtet wurden, mussten die Gefangenen teilweise bis in den strengen Winter hinein in Notunterkünften hausen. Zunächst konzentrierte man sich auf den nordöstlichen Teil des Lagergeländes, wo in eine Granitflanke hinein erst die Terrassen gegraben und gesprengt werden mussten, auf die dann die langen Reihen der Baracken gestellt werden konnten. Für SS-Wachen und Kapos bot sich die willkommene Gelegenheit, die Gefangenen zu schinden: pausenlose Arbeit, ununterbrochene Hetze, das Gebrüll und die ständigen Prügel, Essensentzug und andere Strafen, wie stundenlanges Stillstehen oder das Erklimmen der Anhöhen mit den schweren Loren im Laufschritt. Bald wurde dieser Hügel nur noch der „Ölberg“ genannt, Leidensort der Flossenbürger Strafkompanie. In der ersten Zeit kamen hier viele Gefangene „bei der Arbeit“ um, was auch bedeutete, dass sie sinnlos Steine im Kreis zu schleppen oder durch ein Schlammloch zu balancieren hatten, bis sie zusammenbrachen. Der Bau des Konzentrationslagers wurde vor der Bevölkerung nicht geheim gehalten. Von Anfang an waren an der Erstellung der benötigten Infrastruktur sowie am Lageraufbau öffentliche Verwaltungen und Privatfirmen beteiligt. Auch die Belieferung von Lebensmitteln für die Gefangenen sowie den SS-Totenkopfverband übernahm vielfach die private Wirtschaft. Um an die begehrten Aufträge zu kommen, biederten sich viele mit ihren Lieferangeboten z.B. bei der SS-Bauleitung oder der Kommandantur geradezu an.