Indirekt waren die Gewinne der SS aus dem „Häftlingseinsatz“ in die Rüstung geflossen, zur Ausrüstung der Feldeinheiten der Waffen-SS, zum Aufbau von Kriegsanlagen oder in SS-Kasernen.
Das erste Außenlager außerhalb Flossenbürgs wurde im Frühjahr 1942 bei einer Flußspatgrube in Stulln (südliche Oberpfalz) errichtet, einem kriegswichtigen Betrieb als Zulieferer für die Aluminiumindustrie. Im gleichen Jahr trat die Messerschmitt GmbH Regensburg, einer der größten Rüstungskonzerne (Jagdflugzeuge), an die Waffen-SS als Eignerin der DEST mit dem Vorschlag heran, die KZ-Gefangenen als Arbeitskräfte in der Rüstung einzusetzen. Die SS-Führung, in ihrer ständigen Suche nach mehr Einfluss in Partei, Staat und Wirtschaft, griff dieses Ansinnen natürlich gerne auf. Die DEST stellte in Flossenbürg die Produktionshallen sowie die Zwangsarbeiter, während das Messerschmitt-Werk für das technische Know-How, Material, Maschinen sowie zivile Fachkräfte zu sorgen hatte. Das Rüstungskommando erhielt die Deckbezeichnung „2004“. Darüber hinaus wurden im Gemeindebereich von Flossenbürg mit dem „Sicht- und Zerlegebetrieb“ sowie im Nachbarort Altenhammer zwei weitere Außenkommandos für die Flugzeugproduktion eingerichtet. In ihnen arbeiteten jeweils mehrere Hundert Gefangene, die täglich zu Fuß zu ihrer Arbeitsstelle marschierten.
Zunächst begann in Flossenbürg im Februar 1943 die Produktion von Kleinteilen für das Jagdflugzeug Me 109 der Messerschmitt GmbH Regensburg in den umfunktionierten Steinmetzhallen der DEST mit 200 Gefangenen. Aus den von der DEST für das Werk Flossenbürg angefertigten Monatsberichten für die Monate Mai bis Juli 1943 geht eindeutig hervor, dass die Ausweitung der Flugzeugproduktion in Flossenbürg unabhängig von der im August 1943 erfolgten Bombardierung des Messerschmitt-Werkes in Regensburg von vornherein geplant war. Die Verlagerung eines Teils der Produktion des Jägers Me 109 nach Flossenbürg sollte so erfolgen, dass parallel dazu im Regensburger Werk ein neuer Jäger in Produktion gehen konnte. Die bereits erwähnte Bombardierung des Me-Werkes beschleunigte diesen Prozess nur noch. Anfang 1944 arbeiteten schon 2.000, im Oktober des gleichen Jahres über 5.200 Gefangene in der Flugzeugproduktion in Flossenbürg.
Längst war die Tätigkeit im Steinbruch zweitrangig geworden. Mitte 1944 arbeiteten dort gerade noch 1.000 Gefangene. Auch das „Ausbildungsprogramm“ für die 1.000 Häftlingssteinmetze in Flossenbürg wurde nicht mehr fortgeführt. Durch den Verkauf der von ihr produzierten Rüstungsgüter konnte die SS-eigene DEST ihre Einnahmen entscheidend steigern. In den Monaten September und Oktober 1944 wurden 180 fast vollständige Me 109 gefertigt. Um dieses Ziel zu erreichen, wurden zudem die üblichen Arbeitsabläufe funktionaler gestaltet. Galt für die Zwangsarbeit ein Zwölf-Stunden-Tag, so wurde bei der Produktion für Messerschmitt auf das Drei-Schicht-System à acht Stunden umgestellt.
Im Falle der Rüstungsproduktion für die Messerschmitt GmbH fungierte die SS-eigene DEST als Produzent, der die Zwangsarbeiter Flugzeugteile herstellen ließ, um die Produkte anschließend an Messerschmitt zu einem bestimmtem Stückpreis zu verkaufen. Dafür wurden Industrieanlagen, welche die SS in besetzten Gebieten geraubt oder sich angeeignet hatte, zur Produktion für Messerschmitt umgebaut, wie z.B. die Porzellanfabrik in Nová Role (Neu Rohlau).