Auch das KZ Flossenbürg diente der Vernichtung politischer und vor allem „rassischer Feinde“ des nationalsozialistischen Systems, allerdings erprobte die SS hier eine in ihren Augen rationale Form der Vernichtung: Bevor sie endgültig zugrunde gerichtet wurden, sollte noch ein Maximum an Arbeitsleistung aus ihnen herausgepresst werden. Als die Rüstungsproduktion des III. Reiches ab 1942/43 immer mehr auf die zusätzlichen Arbeitskräfte aus den Konzentrationslagern angewiesen war, bestellte das SS-Wirtschafts-Verwaltungshauptamt (WVHA) die Lagerkommandanten zu „Betriebsleitern“ der SS-Werke, die damit beständig abwägen mussten, ob sie eher das Betriebsergebnis steigern oder möglichst viele Gefangene umbringen wollten. Letzteres versuchte das WVHA nur noch in Ausnahmefällen als Mittel zuzulassen, weswegen das grundlose Schlagen verboten wurde – von Kapos und SS-Wachleuten allerdings immer wieder missachtet. Der „wirtschaftlichen Rationalität der SS und des III. Reiches“ wurde schließlich sogar die Vernichtung der europäischen Juden hintangestellt: Ab 1944 wurden auch in das Reichsgebiet, das schon als „judenfrei“ gemeldet worden war, wieder so genannte arbeitsfähige Juden zur Arbeit in die Konzentrationslager als Zwangsarbeiter verschleppt.
