Die „ArbeitsGemeinschaft ehemaliges KZ Flossenbürg e. V.“ (ArGe) gründeten 1986 vor allem junge Gewerkschafter, die sich nach neuerlichen Schändungen der Grab- und Gedenkstätte Anfang der 80er Jahre in einem Arbeitskreis zur Erforschung der Geschichte des Lagers organisiert hatten. Später kamen neue Mitglieder aus regionalen Geschichtsinitiativen oder auch Institutionen wie der Bezirkstag der Oberpfalz dazu.
Flossenbürg drohte Anfang der 80er Jahre als zweites KZ-Hauptlager in Bayern völlig vergessen zu werden: Die Grabanlage glich einem Park, der „Bayerischen Schlösser- und Seenverwaltung“ unterstellt; eine pädagogische Betreuung fehlte und Besucher blieben sich selbst überlassen. Die kleine Ausstellung und Hinweisschilder erfüllten ihren Zweck kaum: „Vom KZ zur Parkanlage“ und „Das vergessene KZ“ hießen demzufolge die ersten Publikationen der ArGe.
Erfolglos blieb zunächst das Drängen, hauptamtliches Personal einzustellen, verstärkt Politische Bildung zu betreiben und Ausstellung sowie Gedenkstätte auszubauen. Aufgrund der Erforschung vor allem der regionalen Bezüge von Flossenbürg – der wirtschaftlichen Verflechtungen am Ort und in der Region, die Nachkriegsgeschichte des ehemaligen KZ-Geländes und die Außenlager – entstanden zwei Diavorträge und Ausstellungen, die zu Gedenktagen von der DGB-Jugend Nordbayerns oder Bildungseinrichtungen öfter gezeigt wurden. Eine eigene, regional bezogene Führung zum ehemaligen KZ und seiner Umgebung wurde erarbeitet und seither zu vielen Anlässen durchgeführt.
Nach 1990/91 widmete sich die ArGe vor allem der Unterstützung der letzten Überlebenden. Außer den französischen und belgischen Verbänden hatten sich allenfalls einzelne ehemalige Gefangene nach Flossenbürg begeben, niemals war ein Treffen organisiert worden, Kontakte waren praktisch nicht vorhanden. Nach mehrjährigen Recherchen konnte die ArGe 1995 das erste Überlebendentreffen durchführen, an dem anlässlich der Befreiung des KZ 50 Jahren davor mehrere hundert Überlebende aus drei Kontinenten, darunter erstmals aus Mittel-, Ost- und Südosteuropa teilnahmen.
Beim Überlebendentreffen 1997 übergaben die versammelten Präsidenten und Vorsitzenden der Vereinigungen ehemaliger Gefangenen eine Resolution. Deren Forderungen – Erweiterung der Gedenkstätte, Errichtung eines Forschungs- und Dokumentationszentrums, jährliches Überlebendentreffen – hat die bayerische Staatsregierung schließlich zugestimmt und begonnen sie umzusetzen. Der Wunsch der Überlebenden und ihrer Verbände nach Mitbestimmung wird von der Arbeitsgemeinschaft voll unterstützt.
Seit einigen Jahren beschäftigt sich die ArGe mit Forschungsaufgaben (Todesmärsche), sie wird die Reihe „Ihrer Stimme Gehör geben“ (Publikationen mit Berichten überlebender Zeitzeugen) fortsetzen und ein regionales Gedenkstättenkonzept erarbeiten. Das umfangreiche Archiv umfasst Sammlungen verschiedener Medien und wird wie die Bibliothek laufend ergänzt. Als eine besondere Form der Erinnerung werden seit 1993 künstlerische Darstellungen von ehemaligen Gefangenen, sowohl späteren Künstlern als auch Autodidakten, gesammelt. Die Ausstellung mit mehr als 100 Exponaten – Gemälde, Zeichnungen, Stiche und Lithographien, die teilweise heimlich im Lager angefertigt wurden – wird nach Stationen in Deutschland, Polen, Weißrussland, der Ukraine, Israel und Belgien noch in weiteren Ländern gezeigt werden.
Die ArGe ist überparteilich, ihre Mitglieder arbeiten ehrenamtlich, die Finanzierung erfolgt durch Beiträge, Spenden und Zuwendungen.